Type of publication:
Journal article
Author(s):
Asselta R.; Paraboschi E.M.; Cardamone G.; Duga S.; Gerussi A.; Ciaccio A.; Cristoferi L.; D'Amato D.; Malinverno F.; Mancuso C.; Massironi S.; Milani C.; O'Donnell S.E.; Ronca V.; Barisani D.; Carbone M.; Invernizzi P.; Cordell H.J.; Mells G.F.; Sandford R.N.; Jones D.E.; Nakamura M.; Ueno K.; Tokunaga K.; Hitomi Y.; Kawashima M.; Nishida N.; Kawai Y.; Kohn S.-S.; Nagasaki M.; Gervais O.; Tanaka A.; Takikawa H.; Tang R.; Xiong M.; Li Z.; Shi Y.; Liu X.; Hirschfield G.; Siminovitch K.A.; Gershwin M.E.; Seldin M.F.; Walker E.; Xie G.; Mason A.; Myers R.; Peltekian K.; Ghent C.; Atkinson E.; Juran B.; Lazaridis K.; Lu Y.; Gu X.; Jing K.; Amos C.; Affronti A.; Brunetto M.; Coco B.; Spinzi G.; Elia G.; Ferrari C.; Lleo A.; Muratori L.; Muratori P.; Portincasa P.; Colli A.; Bruno S.; Colloredo G.; Azzaroli F.; Andreone P.; Bragazzi M.; Alvaro D.; Cardinale V.; Cazzagon N.; Rigamonti C.; Floreani A.; Rosina F.; Lampertico P.; Donato F.; Fagiuoli S.; Almasio P.L.; Giannini E.; Cursaro C.; Colombo M.; Valenti L.; Miele L.; Andriulli A.; Niro G.A.; Grattagliano I.; Morini L.; Casella G.; Vinci M.; Battezzati P.M.; Crosignani A.; Zuin M.; Mattalia A.; Calvaruso V.; Colombo S.; Benedetti A.; Marzioni M.; Galli A.; Marra F.; Tarocchi M.; Picciotto A.; Morisco F.; Fabris L.; Croce L.S.; Tiribelli C.; Toniutto P.; Strazzabosco M.; Ch'ng C.L.; Thomas C.; Rahman M.; Yapp T.; Sturgess R.; Harrison M.; Healey C.; Galaska R.; Czajkowski M.; Kendall J.; Whiteman J.; Gunasekera A.; Lawlor C.; Gray C.; Gyawali P.; Premchand P.; Kapur K.; Elliott K.; Marley R.; Foster G.; Watson A.; Dias A.; Subhani J.; Harvey R.; McCorry R.; Ramanaden D.; Gasem J.; Mulvaney-Jones C.; Hobson L.; Evans R.; Mathialahan T.; Shorrock C.; Van Duyvenvoorde G.; Lipscomb G.; Loftus A.; Southern P.; Seward K.; Tibble J.; Gorard D.; Penn R.; Palegwala A.; Maiden J.; Damant R.; Jones S.; Dawwas M.; Alexander G.; Dolwani S.; Cloudsdale R.; Prince M.; Foxton M.; Silvestre V.; Elphick D.; Glenn S.; Mitchison H.; Dungca E.; Gooding I.; Wheatley N.; Karmo M.; Doyle H.; Saksena S.; Kent M.; Mendall M.; Patel M.; Hamilton C.; Braim D.; Ede R.; Austin A.; Paton A.; Sayer J.; Lancaster N.; Hankey L.; Hovell C.; Fisher N.; Carter M.; Desousa P.; Koss K.; Piotrowicz A.; Muscariu F.; Musselwhite J.; Grimley C.; Neal D.; Lim G.; Tan L.; Levi S.; Ala A.; Broad A.; Saeed A.; Wood G.; Flahive K.; Brown J.; Nambela E.; Townshend P.; Ford C.; Holder S.; Wilkinson M.; Gordon H.; Palmer C.; Ramage J.; Ridpath J.; Featherstone J.; Ngatchu T.; Grover B.; Nasseri M.; Shaukat S.; Shidrawi R.; Sadeghian J.; Abouda G.; Ali F.; Rolls S.-A.; Rees I.; Salam I.; Narain M.; Brown A.; Crossey M.; Taylor-Robinson S.; Williams S.; Stansfield G.; MacNicol C.; Grellier L.; Wilkins J.; Banim P.; Das D.; Chilton A.; Raymode P.; Heneghan M.; Lee H.-J.; Curtis H.; Gess M.; Drake I.; Durant E.; Aldersley M.; Davies M.; Jones R.; Bishop R.; McNair A.; Srirajaskanthan R.; Pitcher M.; Tripoli S.; Sen S.; Bird G.; Casey R.; Barnardo A.; Kitchen P.; Cowley C.; Yoong K.; Miller R.; Chirag O.; Sivaramakrishnan N.; MacFaul G.; Jones D.; Shah A.; Wright F.; Evans C.; Saha S.; Pollock K.; Bramley P.; Mukhopadhya A.; Fraser A.; Williams D.; Mills P.; Shallcross C.; Campbell S.; Bathgate A.; Shepherd A.; Dillon J.; Rushbrook S.; Przemioslo R.; Macdonald C.; Metcalf J.; Shmueli U.; Davis A.; Naqvi A.; Lee T.; Ryder S.D.; Collier J.; Klass H.; Kent L.; Ninkovic M.; Cramp M.; Sharer N.; Aspinall R.; Goggin P.; Ghosh D.; Douds A.; Hoeroldt B.; Booth J.; Williams E.; Gunter E.; Dewhurst H.; Hussaini H.; Stableforth W.; Ayres R.; Thorburn D.; Marshall E.; Burroughs A.; Mann S.; Lombard M.; Richardson P.; Patanwala I.; Maltby J.; Brookes M.; Mathew R.; Vyas S.; Singhal S.; Gleeson D.; Misra S.; *Butterworth J.; George K.; Harding T.; Douglass A.; Tregonning J.; Panter S.; Sanghi P.; Shearman J.; Bray G.; Butcher G.; Forton D.; Mclindon J.; Cowan M.; Whatley G.; Mandal A.; Gupta H.; Jain S.; Pereira S.; Prasad G.; Watts G.; Wright M.; Neuberger J.; Gordon F.; Unitt E.; Grant A.; Delahooke T.; Higham A.; Brind A.; Cox M.; Ramakrishnan S.; King A.; Collins C.; Whalley S.; Li A.; Fraser J.; Bell A.; Hughes M.; Wong V.S.; Singhal A.; Gee I.; Ang Y.; Ransford R.; Gotto J.; Millson C.; Bowles J.; Hails J.; Wooldridge H.; Abrahams R.; Gibbins A.; Hogben K.; McKay A.; Foale C.; Brighton J.; Williams B.; Hynes A.; Duggan C.; Wilhelmsen E.; Ncube N.; Houghton K.; Ducker S.; Bird B.; Baxter G.; Keggans J.; Grieve E.; Young K.; Ocker K.; Hines F.; Martin K.; Innes C.; Valliani T.; Fairlamb H.; Thornthwaite S.; Eastick A.; Tanqueray E.; Morrison J.; Holbrook B.; Browning J.; Walker K.; Congreave S.; Verheyden J.; Slininger S.; Stafford L.; O'Donnell D.; Ainsworth M.; Lord S.; March L.; Dickson C.; Simpson D.; Longhurst B.; Hayes M.; Shpuza E.; White N.; Besley S.; Pearson S.; Wright A.; Jones L.; Fouracres A.; Farrington L.; Graves L.; Marriott S.; Leoni M.; Tyrer D.; Dalikemmery L.; Lambourne V.; Green M.; Sirdefield D.; Amor K.; Orpe J.; Colley J.; Shinder B.; Jones J.; Mills M.; Carnahan M.; Taylor N.; Boulton K.; Brown C.; Clifford G.; Archer E.; Hamilton M.; Curtis J.; Shewan T.; Walsh S.; Warner K.; Netherton K.; Mupudzi M.; Gunson B.; Gitahi J.; Gocher D.; Batham S.; Pateman H.; Desmennu S.; Conder J.; Clement D.; Gallagher S.; Chan P.; Currie L.; O'Donohoe L.; Oblak M.; Morgan L.; Quinn M.; Amey I.; Baird Y.; Cotterill D.; Cumlat L.; Winter L.; Greer S.; Spurdle K.; Allison J.; Dyer S.; Sweeting H.; Kordula J.; Aiba Y.; Nakamura H.; Abiru S.; Nagaoka S.; Komori A.; Yatsuhashi H.; Ishibashi H.; Ito M.; Migita K.; Ohira H.; Katsushima S.; Naganuma A.; Sugi K.; Komatsu T.; Mannami T.; Matsushita K.; Yoshizawa K.; Makita F.; Nikami T.; Nishimura H.; Kouno H.; Ota H.; Komura T.; Nakamura Y.; Shimada M.; Hirashima N.; Komeda T.; Ario K.; Nakamuta M.; Yamashita T.; Furuta K.; Kikuchi M.; Naeshiro N.; Takahashi H.; Mano Y.; Tsunematsu S.; Yabuuchi I.; Shimada Y.; Yamauchi K.; Sugimoto R.; Sakai H.; Mita E.; Koda M.; Tsuruta S.; Kamitsukasa H.; Sato T.; Masaki N.; Kobata T.; Fukushima N.; Higuchi N.; Ohara Y.; Muro T.; Takesaki E.; Takaki H.; Yamamoto T.; Kato M.; Nagaoki Y.; Hayashi S.; Ishida J.; Watanabe Y.; Kobayashi M.; Koga M.; Saoshiro T.; Yagura M.; Hirata K.; Zeniya M.; Abe M.; Onji M.; Kaneko S.; Honda M.; Arai K.; Arinaga-Hino T.; Hashimoto E.; Taniai M.; Umemura T.; Joshita S.; Nakao K.; Ichikawa T.; Shibata H.; Yamagiwa S.; Seike M.; Honda K.; Sakisaka S.; Takeyama Y.; Harada M.; Senju M.; Yokosuka O.; Kanda T.; Ueno Y.; Kikuchi K.; Ebinuma H.; Himoto T.; Yasunami M.; Murata K.; Mizokami M.; Shimoda S.; Miyake Y.; Takaki A.; Yamamoto K.; Hirano K.; Ichida T.; Ido A.; Tsubouchi H.; Chayama K.; Harada K.; Nakanuma Y.; Maehara Y.; Taketomi A.; Shirabe K.; Soejima Y.; Mori A.; Yagi S.; Uemoto S.; Tanaka T.; Yamashiki N.; Tamura S.; Sugawara Y.; Kokudo N.
Citation:
Gastroenterology; Jun 2021; vol. 160 (no. 7); p. 2483
Abstract:
Background & Aims: Genome-wide association studies in primary biliary cholangitis (PBC) have failed to find X chromosome (chrX) variants associated with the disease. Here, we specifically explore the chrX contribution to PBC, a sexually dimorphic complex autoimmune disease. Method(s): We performed a chrX-wide association study, including genotype data from 5 genome-wide association studies (from Italy, United Kingdom, Canada, China, and Japan; 5244 case patients and 11,875 control individuals). Result(s): Single-marker association analyses found approximately 100 loci displaying P < 5 x 10-4, with the most significant being a signal within the OTUD5 gene (rs3027490; P = 4.80 x 10-6; odds ratio [OR], 1.39; 95% confidence interval [CI], 1.028-1.88; Japanese cohort). Although the transethnic meta-analysis evidenced only a suggestive signal (rs2239452, mapping within the PIM2 gene; OR, 1.17; 95% CI, 1.09-1.26; P = 9.93 x 10-8), the population-specific meta-analysis showed a genome-wide significant locus in East Asian individuals pointing to the same region (rs7059064, mapping within the GRIPAP1 gene; P = 6.2 x 10-9; OR, 1.33; 95% CI, 1.21-1.46). Indeed, rs7059064 tags a unique linkage disequilibrium block including 7 genes: TIMM17B, PQBP1, PIM2, SLC35A2, OTUD5, KCND1, and GRIPAP1, as well as a superenhancer (GH0XJ048933 within OTUD5) targeting all these genes. GH0XJ048933 is also predicted to target FOXP3, the main T-regulatory cell lineage specification factor. Consistently, OTUD5 and FOXP3 RNA levels were up-regulated in PBC case patients (1.75- and 1.64-fold, respectively). Conclusion(s): This work represents the first comprehensive study, to our knowledge, of the chrX contribution to the genetics of an autoimmune liver disease and shows a novel PBC-related genome-wide significant locus.
Altmetrics:
