Type of publication:
Journal article

Author(s):
Pairo-Castineira E.; Clohisey S.; Rawlik K.; Parkinson N.; Fourman M.H.; Russell C.D.; Furniss J.; Wang B.; Griffiths F.; Oosthuyzen W.; Millar J.; Shih B.; Zechner M.; Haley C.; Meikle J.; Finernan P.; Mcmaster E.; Law A.; Baillie J.K.; Paterson T.; Wackett T.; Armstrong R.; Weaver J.; Boz C.; Golightly A.; Ward M.; Mal H.; SzoorMcElhinney H.; Brown A.; Hendry R.; Stenhouse A.; Cullum L.; Law D.; Law S.; Law R.; Swets M.; Day N.; Taneski F.; Duncan E.; Kenneth Baillie J.; Lyons R.; Tenesa A.; Klaric L.; Bretherick A.D.; Richmond A.; Meynert A.; Grimes G.; Hayward C.; Ponting C.; Meynert A.M.; Wham M.; Ponting C.P.; Vitart V.; Wilson J.F.; Pasko D.; Walker S.; Kousathanas A.; Moutsianas L.; Caulfield M.; Scott R.; Bogaert D.; Gountouna E.; Porteous D.J.; Wrobel N.; Clark R.; Coutts A.; Donnelly L.; Gilchrist T.; Hafezi K.; Macgillivray L.; Maclean A.; McCafferty S.; Morrice K.; Fawkes A.; Murphy L.; Harrison D.; Rowan K.; Wu Y.; Yang Z.; Zhai R.; Zheng C.; Shen X.; Beale R.; Keating S.; 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Citation:
Nature; Mar 2021; vol. 591 (no. 7848); p. 92-98

Abstract:
Host-mediated lung inflammation is present1, and drives mortality2, in the critical illness caused by coronavirus disease 2019 (COVID-19). Host genetic variants associated with critical illness may identify mechanistic targets for therapeutic development3. Here we report the results of the GenOMICC (Genetics Of Mortality In Critical Care) genome-wide association study in 2,244 critically ill patients with COVID-19 from 208 UK intensive care units. We have identified and replicated the following new genome-wide significant associations: on chromosome 12q24.13 (rs10735079, P = 1.65 x 10-8) in a gene cluster that encodes antiviral restriction enzyme activators (OAS1, OAS2 and OAS3); on chromosome 19p13.2 (rs74956615, P = 2.3 x 10-8) near the gene that encodes tyrosine kinase 2 (TYK2); on chromosome 19p13.3 (rs2109069, P = 3.98 x 10-12) within the gene that encodes dipeptidyl peptidase 9 (DPP9); and on chromosome 21q22.1 (rs2236757, P = 4.99 x 10-8) in the interferon receptor gene IFNAR2. We identified potential targets for repurposing of licensed medications: using Mendelian randomization, we found evidence that low expression of IFNAR2, or high expression of TYK2, are associated with life-threatening disease; and transcriptome-wide association in lung tissue revealed that high expression of the monocyte-macrophage chemotactic receptor CCR2 is associated with severe COVID-19. Our results identify robust genetic signals relating to key host antiviral defence mechanisms and mediators of inflammatory organ damage in COVID-19. Both mechanisms may be amenable to targeted treatment with existing drugs. However, large-scale randomized clinical trials will be essential before any change to clinical practice

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Type of publication:
Conference abstract

Author(s):
*Lo N.

Citation:
European Journal of Case Reports in Internal Medicine. Conference: 19th European Congress in Internal Medicine Internal Medicine, ECIM 2021. Virtual. 8(Supplement 1) (pp 108), 2021. Date of Publication: 2021.

Abstract:
Background and Aims: Initial review of 50 discharge summaries at Royal Shrewsbury Hospital in April 2020 revealed only 27% included the patient's COVID-19 test result and 2% outlined any recommended self-isolation advice. This had potential adverse implications for infection control as well as medicolegal sequalae for the Trust if exposed patients were discharged without self-isolation advice and subsequently spread COVID-19 in the community. The medical team worked with hospital IT to amend the existing discharge summary software, such that two tabs were added to make COVID-19 test result and self isolation documentation mandatory prior to sign off, in an early pilot version. We aimed to evaluate the impact of this software modification on COVID-19 discharge summary documentation. Method(s): Following the implementation of the modified software, 50 consecutive discharge summaries were retrospectively reviewed for: Documentation of COVID-19 result. Documentation of self-isolation advice for patient. Result(s): Following the software amendment, 91% of discharge summaries included COVID-19 test result (up from 27%) and 100% included documented self-isolation advice for the patient (up from 2%). Conclusion(s): Simple modification of the existing IT system greatly improved compliance with COVID-19 test result and self-isolation advice documentation on discharge summaries. A further software update since the study has added a tab awaiting results, to cater for patients discharged prior to COVID-19 test result becoming available. We propose all hospitals consider adopting similar measures in the interest of infection prevention, public safety and potential medico-legal sequalae.

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